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OLGENOME
Coordinatore di progetto: FABRIZIO CARBONE

Completamento del sequenziamento del genoma dell'olivo e annotazione dei geni

Il Progetto OLGENOME è suddiviso in 6 Work Package (WPs), per i quali sono previste le seguenti attività: WP1: Coordinamento del progetto. Le attività di ricerca del progetto saranno coordinate da un Comitato Scientifico, presieduto dal Coordinatore e costituito dai responsabili dei WPs. Il Coordinatore, in collaborazione al responsabile di ciascun WP, garantirà il coordinamento tra le unità operative al fine del raggiungimento degli obiettivi realizzativi, nel rispetto dei risultati attesi riportati nella proposta di progetto; promuoverà e coordinerà riunioni di avanzamento lavori, al fine di favorire la collaborazione dei soggetti proponenti e la condivisione di risultati e conoscenze sviluppate nei vari livelli di realizzazione del Progetto. WP2: Sequenziamento del genoma e assembling. Si prevede di completare il sequenziamento del genoma di olivo (cv. Leccino), integrando i pool di BAC già sequenziati nell’ambito del progetto OLEA con il sequenziamento di ulteriori pool di BAC. Inoltre si ritiene necessario costruire uno scheletro di sequenza robusto su cui ancorare i contig prodotti con i pool di BAC attraverso il sequenziamento di DNA genomico basato su tecnologie che consentano di ottenere sequenze di lunghezza media maggiore di 10Kb (es.: Pacific Biosciences SMRT sequencing). WP3: Ancoraggio del genoma alla mappa genetica. Si svilupperanno mappe genetiche su progenie da incrocio con Leccino come parentale costituite da centinaia di semenzali, genotipizzati mediante approccio Genotyping-by-Sequencing. Verranno sviluppati set di marcatori SNP, fino ad un massimo di 15000, potenzialmente sufficienti per consentire l’ancoraggio degli SNP sviluppati sugli scaffold genomici. Per favorire l’orientamento ed il mappaggio del genoma sarà studiata l'architettura tridimensionale del genoma attraverso il metodo Hi-C che prevede il sequenziamento ultramassivo di frammenti di DNA, opportunamente manipolati, per la creazione di una mappa di contatto intra-cromosomi. WP4: Annotazione genica. Sarà realizzata una piattaforma per la predizione genica e l’annotazione funzionale automatica dei geni predetti. La piattaforma sarà accessibile tramite un sito web al fine di favorire l’annotazione funzionale “esperta”, attraverso l’intervento di diversi ricercatori esperti in specifici settori di interesse. WP5: Analisi de novo del trascrittoma di olivo. Realizzazione di un trascrittoma di riferimento per la cv. Leccino finalizzata ad ottimizzare l’assemblaggio e l’annotazione del genoma e per supportare l’identificazione di geni candidati a funzioni chiave per l’espressione di caratteri di interesse. I cDNA full-length, ESTs e RNA-seq ottenuti favoriranno l'annotazione genica in quanto rappresentano le evidenze sperimentali, che opportunamente elaborate e allineate al genoma, permetteranno di identificare le regioni codificanti proteine. Inoltre i dati ottenuti saranno utilizzati per aiutare ad ordinare l’informazione della sequenza nell’assemblaggio del genoma. WP6: Piano di sfruttamento dei risultati, ricadute e divulgazione dei risultati. Tutte le sequenze e i dati ottenuti dalle attività programmate saranno elaborati, organizzati e resi pubblici mediante banche dati dedicate. Si provvederà all’allestimento di un sito web del progetto destinato a ricercatori ed operatori del settore per la diffusione delle informazioni derivate dal progetto. Il piano di divulgazione dei risultati prevede l’organizzazione di eventi divulgativi per la presentazione del progetto, dei suoi risultati e delle ricadute, rivolti agli stakeholders di settore, in contesti specifici di presentazione del Piano Olivicolo Nazionale. Inoltre i risultati saranno pubblicati su riviste scientifiche internazionali e su magazine nazionali di tipo semi-divulgativo e divulgativo.
Elenco strutture
Ministero delle Politiche Agricole, Alimentari e Forestali - Dipartimento delle politiche europee ed internazionali e dello sviluppo rurale - Direzione generale dello sviluppo rurale - DISR 4 - Ricerca e sperimentazione - Dipartimento delle politiche europee ed internazionali e dello sviluppo rurale - Direzione generale dello sviluppo rurale - DISR IV
CRA - Olivicoltura, Frutticoltura e Agrumicoltura - Rende (CS)
CRA - Genomica e bioinformatica

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