I Dipartimenti hanno compiti di indirizzo, promozione e coordinamento delle attività scientifiche e tecnologiche delle strutture di ricerca afferenti così come definiti nell'art. 20 comma 4, dello Statuto,  con esclusione di ogni attività strumentale di ricerca. Per il conseguimento di tali obiettivi i dipartimenti operano in stretto collegamento fra loro anche al fine di favorire le relazioni e l'integrazione delle attività di ricerca europee e internazionali con le Università e gli altri Enti di ricerca nazionali, pubblici e privati, con il territorio e le imprese. In particolare il Dipartimento:

• favorisce l’aggiornamento e l’approfondimento scientifico e tecnologico del personale di ricerca operante nelle aree tematiche di competenza;
• promuove lo sviluppo di grandi progetti e programmi di ricerca per le aree tematiche di competenza, anche a livello comunitario e internazionale;
• accresce le relazioni internazionali dei ricercatori e delle strutture di ricerca afferenti, anche promuovendo lo scambio di ricercatori e programmi comuni di ricerca tra strutture del CRA e centri di ricerca stranieri
• favorisce l’acquisizione in comune e l’ottimale utilizzazione di grandi apparecchiature scientifiche da parte delle strutture di ricerca e supporta l’attività brevettuale dei ricercatori e delle strutture di ricerca afferenti;
• coordina e integra i contributi delle strutture di ricerca ai fini della elaborazione del Piano triennale di attività e degli aggiornamenti annuali, massimizzando le sinergie inter- e intra-disciplinari.