Il CRA- API nasce dall'accorpamento tra l'Istituto nazionale di apicoltura (INA) e la sezione di bachicoltura dell'Istituto sperimentale per la zoologia agraria(ISZA). L'INA, con sede a Bologna, è operativo sin dagli anni ’20 ma è solo nel 1933 che viene ufficialmente costituito il Consorzio per sua la nascita che diede vita ufficialmente all'ente nel 1938. La Sezione di bachicoltura dell'Istituto per la zoologia agraria invece fu fondata a Padova nel 1871 (con la denominazione di Stazione Bacologica Sperimentale) da Vittorio Emanuele II su proposta di Luigi Luzzatti, allora ministro dell'Agricoltura, Industria e Commercio. Primo direttore fu Enrico Verson, che rimase a capo dell'istituzione per circa un cinquantennio (1871-1919).

Il CRA-API si occupa dell'allevamento dell'ape e del baco da seta. Nel settore apistico cura la selezione di api regine di razza ligustica e la caratterizzazione genetica delle popolazioni italiane; studia i metodi di prevenzione e difesa dalle avversità; si occupa di metodi analitici per la caratterizzazione e la definizione della qualità del miele e degli altri prodotti dell'alveare (gelatina reale, cera, polline, propoli), dei metodi di conservazione e delle possibili adulterazioni; effettua ricerche per un più efficace impiego delle api e di altri insetti pronubi per l'impollinazione di specie agrarie entomogame. Nel settore della bachicoltura di occupa dello sviluppo di metodi moderni di allevamento con particolare attenzione allo sviluppo di diete artificiali, al superamento della stagionalità delle produzioni e alla diminuzione dei costi di produzione. Cura il mantenimento della diversità genetica del baco da seta e del gelso. Collabora allo sviluppo di prodotti industriali innovativi a base di seta naturale.

Il CRA - API si occupa di allevamento e selezione di api regine di razza ligustica; studio e caratterizzazione delle popolazioni di api presenti sul territorio e degli altri pronubi; studi e sperimentazioni finalizzati alla caratterizzazione e qualificazione del miele; valutazione della sicurezza alimentare dei prodotti; patologia delle api; messa a punto di moderne metodiche analitiche e di protocolli scientifici (allevamento di larve, protocollo di monitoraggio ambientali tramite le api); ricerche sulla biologia degli apoidei; studi di tossicità di pesticidi nei confronti delle api e dei pronubi; studio dei possibili rapporti tra api e piante geneticamente modificate. Nel campo della bachicoltura si occupa di conservazione, valorizzazione e miglioramento genetico delle razze di baco da seta e delle diverse cultivar di gelso; studio dei rapporti baco/gelso e allevamento su dieta sostitutiva della foglia di gelso: studi economici e di mercato; patologia del baco da seta; studio del gelso per altre finalità ( produzione di frutta. alimentazione zootecnica, produzione di biomassa, produzione farmaceutica); studio dell’impatto ambientale del gelso e del recupero dei terreni marginali abbandonati o contaminati mediante la gelsicoltura. Per questi scopi il CRA-API fa parte di Working group nazionali e internazionali:il gruppo di lavoro per il Codex Alimentarius; International Honey Commission; il gruppo di lavoro UNI per la normazione dei metodi di prova relativi al miele; il network internazionale COLOSS nato per lo studio e l'analisi delle morie di api a livello mondiale. Attualmente il CRA-API è capofila del progetto APENET (progetto di analisi e studio dei fattori che hanno prodotto mortalità di api in Italia) e sta implementando APIBOOM (studio della fattibilità dell'uso delle api nel rilevare la presenza di esplosivi) e APISLOW (progetto di tutela dell'ape nera della Sicilia e di creazione del relativo presidio Slow Food).

Il CRA - API si occupa di erogare tramite un laboratorio specializzato, un servizio di analisi chimica dei prodotti dell'alveare. Propone inoltre con continuità incontri formativi e divulgativi sulle tematiche legate alle api e all'apicoltura. Presso il CRA – API sono depositati tre Albi professionali nazionali: gli allevatori di api regine, gli esperti in melissopalinologia e gli esperti in analisi sensoriale del miele.